理藩院，官署名，清代管理蒙、回、藏少数民族事务的机关。初为“蒙古衙门”，设承政、参政等官。崇德三年(1638)改“蒙古衙门”为“理藩院”，隶属礼部。顺治十八年(1661)改为与六部同等。理藩院的设置最初是为了处理蒙古事务，随着清朝对西北、西南各地区统治的进一步加强，理藩院管理的范围也逐步扩大到蒙古以外的少数民族地区。其具体管辖范围为内外蒙古、青海蒙古、新疆之额鲁特部、回部与西藏喇嘛所属各处。理藩院还掌管一部分属国及其他外国交往事务，如掌理与俄国交涉事务。第二次鸦片战争后，另成立了总理衙门，这部分事务始改归总理衙门管理。另外，清政府还在上述地区分派将军、都统、大臣等驻防，直接管理少数民族事务。理藩院的设置和将军、大臣的直接统治，标志清中央政权与少数民族地区隶属关系的加强，说明专制主义中央集权的统治已深入到边区。光绪三十八年(1906)理藩院改为理藩部。